오픈소스의 대표적인 운영체제로는 리눅스를 제일 먼저 꼽을 수 있다. 리눅스에는 여러 가지 배포판이 있다.
배포판의 종류에 따라 애플리케이션의 패키지 관리 방법에 차이가 있고 각 설치 방법에도 차이가 있다.
유상 지원 서비스가 필요할 때는 Red Hat Enterprise Linux(RHEL)가 주로 선택된다. 반면에 유상 지원 서비스가 필요 없을 때는 그 밖의 배포판이 선택된다.
레드햇 계열로 분류한 배포판 대부분은 Red Hat Enterprise Linux의 소스 코드에서 라이선스와 상표에 문제가 있는 부분을 빼고 무료로 만든 것이다. 사용 운영체제의 안정성과 오픈 소스로서의 무료 운영체제의 이점을 모두 만족하므로 많은 웹 기업에서 채용하고 있다. 단, Red Hat Enterprise Linux는 패키지의 동작 안정성이 중시되므로 오픈소스의 버전이 올라가도 곧바로 최신 버전이 제공되지 않는다. 이런 문제로 항상 최신 버전의 애플리케이션을 사용하고 싶을 때는 다른 배포판을 사용하거나 yum이나 rpm 커맨드와 같은 배포판이 제공하는 애플리케이션 설치 수단을 쓰지 않고, 직접 최신 소스를 입수해 컴파일하는 식으로 운영하는 기업도 자주 볼 수 있다.
윈도 서버(Windows Server)는 마이크로소프트가 제공하는 서버용 운영체제다. 리눅스/유닉스와 윈도의 큰 차이는 GUI 조작이라고 하던 시절도 있었지만, 현재는 리눅스/유닉스도 GUI조작을 할 수 있는 환경을 어느 정도 갖추고 있다. 따라서 더는 GUI가 운영체제의 차이를 특징 짓는 최대 요소라고 말할 수 없게 되었다. 하지만, 윈도 서버의 GUI를 리눅스의 GUI와 비교하면 평소 익숙한 PC용 윈도 운영체제의 GUI를 따르고 있기 때문에 서버 운영체제 사용에 익숙하지 않은 사람에게는 확실히 윈도 서버가 다른 운영체제보다 문턱이 낮은 측면이 있다.
윈도 서버는 주로 다음과 같은 때에 선정된다.
윈도 서버에서 실행되는 소프트웨어를 사용하고 싶다
Exchange Server, Sharepoint, SQL Server 같은 마이크로소프트의 제품을 사용하고 싶거나, 오라플 데이터베이스나 각사의 소프트웨어처럼 윈도나 리눅스 등 여러 운영체제에서 가동하는 제품을 윈도 서버에서 사용하고 싶을 때 윈도 서버를 선택한다.